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随着寡核苷酸、siRNA、ASO 等核酸药物研发持续升温，如何准确表征其在体内的吸收、分布、代谢和排泄过程，已成为药物研发与评价中的重要环节。然而，与传统小分子药物相比，核酸类分子具有分子量大、带有大量负电荷、易与基质及材料表面发生相互作用等特点，使其 DMPK 分析面临贯穿整个实验流程的多重挑战。
在样品前处理环节，复杂生物基质中的核酸药物需要经过高效提取与净化，传统方法不仅操作步骤繁琐、耗时较长，还可能面临回收率偏低、重现性不足等问题；进入液相色谱分离环节后，核酸分子又容易与流路、色谱柱及相关材料表面发生非特异性吸附，造成样品损失、峰形异常甚至残留，从而影响定量结果；而在质谱检测端，复杂基质、离子化效率以及多电荷离子等因素进一步对检测灵敏度提出挑战，尤其面对低浓度生物样品时，对 LC-MS/MS 系统的性能要求更为严苛。
01 前处理
更高回收，更高效
Thermo Scientific™ SMART Digest™ OligoSelect™ 试剂盒，将高效蛋白酶解与WAX磁珠捕获同步进行，有效解除寡核苷酸与蛋白质结合，减少繁琐的样品净化步骤。无需传统变性剂，流程更简化、方法开发更快速；适用于血浆及组织匀浆等多种生物基质，并展现良好的寡核苷酸回收率。每套可处理96个样品，兼容磁力架及KingFisher™自动化平台，为后续LC-MS分析提供高效、稳定的样品前处理方案。
MART Digest OligoSelect 试剂盒工作原理
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在低、中、高三个浓度水平下，IS均保持稳定的回收率(93%–94%)。AS采用外标法计算的回收率为75%–85% ，经内标校正后的回收率达到80%–90%，展现出良好的提取效率与稳定性，为血浆中siRNA的准确、可靠定量提供了有力支持。
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02 色谱分离
减少吸附，让目标物顺利抵达检测端
Vanquish Amplify 惰性液相系统和高分辨质谱联用，凭借其出色的Fully Inert 全惰性流路，可消除因流路表面金属溶出导致的Co2+/Ni2+离子加合物信号(+56 Da)，无明显的离子抑制效应，对准确检测和定量相近质荷比的重点杂质信息具有重要的优势。
Vanquish Amplify生物惰性系统分析反义寡核苷酸
Vanquish Amplify 惰性液相系统：峰形与分辨率得到改善，在中性和酸性 pH 条件下吸附更低，在碱性 pH 条件下无吸附。
寡核苷酸分析，稳定分离是关键。Thermo Scientific™ SurePac™ Oligo RP MDi™ 色谱柱采用惰性硬件+单分散聚合物填料，兼具高分辨率、出色重现性及高 pH/高温条件下的稳定性，适用于血浆、组织等复杂生物基质中的寡核苷酸药物分析。更耐用、更稳定，让LC-MS分析更值得信赖！
5000ng/mL 浓度进样后，基质空白进样(右图)，系统残留小于LLOQ(左图)的20%
03 质谱检测
高选择性，高可信度的LC-MS/MS检测
Thermo Scientific™ Stellar™ 质谱仪采用 基于离子阱的CID 碎裂方式，可针对目标核酸前体离子进行碰撞诱导解离。通过对碎裂条件进行优化，可筛选出响应良好且更具序列特异性的特征碎片离子，有助于提高目标物识别的特异性，降低复杂生物基质背景对定量结果的影响。在检测策略上，Stellar 采用PRM(Parallel Reaction Monitoring，平行反应监测)模式，对选定的目标前体离子进行隔离和碎裂，并采集其多个特征碎片离子。不仅增强目标物鉴定的可信度与检测选择性，且多离子叠加定量也进一步提升了检测灵敏度。
CID碎裂模式下的 PRM 二级全扫描谱图，可同时获得多个高质量端特异性碎片(点击查看大图)
血浆基质中10ng/ml AS链(添加浓度) EIC谱图
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血浆基质中10ng/ml SS链(添加浓度) EIC谱图
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血浆基质中AS链10 – 5000 ng/ml (添加浓度) 定量曲线
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血浆基质中SS链10 – 5000 ng/ml (添加浓度) 定量曲线
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整个方案前处理获得较好的提取回收率，在LQC、MQC和HQC三个浓度水平下，AS和SS的准确度均表现良好，其中AS准确度为100%–106%，SS准确度为96%–107%，表明该方法在不同浓度水平下具有良好的定量准确性。
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04 总结
从样本到信号，让寡核苷酸 DMPK 分析更简单
面对寡核苷酸药物在复杂生物基质中提取难、易吸附、检测灵敏度要求高等分析挑战，赛默飞从样品前处理、色谱分离到质谱检测，提供覆盖 DMPK 分析全流程的解决方案。SMART Digest™ OligoSelect™ 试剂盒实现高效、稳定的样品提取与净化；Vanquish™ Amplify 惰性液相系统结合 SurePac™ Oligo RP MDi™ 色谱柱，有效降低非特异性吸附和系统残留，提升分离稳定性；Stellar™ 质谱仪则通过 CID 碎裂与 PRM 检测策略，进一步增强复杂基质中目标寡核苷酸检测的选择性、灵敏度与定量可信度。
从前处理的高回收、色谱端的低吸附与稳定分离，到质谱端的高选择性检测，各环节协同优化，为寡核苷酸药物在血浆、组织等复杂生物基质中的定量分析提供更加完整、稳定且可靠的技术路径。文中血浆样品的测试结果进一步展示了该方案在 10–5000 ng/mL浓度范围内的定量分析能力，为寡核苷酸药物 DMPK 研究提供有力的分析工具支持。
从样本到信号，全流程协同，让每一个寡核苷酸分析结果更值得信赖。
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