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高效液相色谱根据压力等级可分为3类：正相高效液相色谱仪（耐压5000-6000psi）、反相高效液相色谱仪（耐压9000-10000psi）和超高效液相色谱仪(超高效液相色谱仪)（耐压12000，甚至达到15000psi以上）。
1，正相高效液相色谱仪
这并不是常用的高效液相色谱方法。正相高效液相使用非极性溶剂作为流动相，硅胶颗粒作为固定相。在常规高效液相色谱仪中，与非极性化合物相比，极性化合物在固定相中会更长时间地粘附在极性有机硅上。因此，非极性化合物在正常高效液相色谱仪中的洗脱速度更快。孔径一般在3微米左右。
正相色谱法技术原理： 采用极性固定相（如聚乙二醇、氨基与腈基键合相）；流动相为相对非极性的疏水性溶剂（烷烃类如正已烷、环已烷），常加入乙醇、异丙醇、四氢呋喃、三*甲烷等以调节组分的保留时间。常用于分离中等极性和极性较强的化合物（如酚类、胺类、羰基类及氨基酸类等）。
2，反相高效液相色谱仪
这是常见的高效液相色谱类型。在反相高效液相中，固定相被烃链（通常长 8-18 个碳）改性，导致色谱柱变为非极性。也使用极性溶剂。在反相高效液相色谱仪中，样品中的极性分子会与溶剂产生强烈的吸引力，从而使它们更快地洗脱。它们也不会与非极性固定相相互作用。非极性化合物会与固定相产生范德华力和分散相互作用，因此它们的洗脱速度较慢。
反相色谱法技术原理： 一般用非极性固定相（如C18、C8）；流动相为水或缓冲液，常加入甲醇、乙腈、异丙醇、丙酮、四氢呋喃等与水互溶的有机溶剂以调节保留时间。适用于分离非极性和极性较弱的化合物。RPC在现代液相色谱中应用更为广泛，据统计，它占整个HPLC应用的80%左右。
3，超高效液相色谱仪
这类高效液相色谱运行速度更快、使用的溶剂更少且分辨率更高。色谱柱也更小，固定相颗粒的尺寸要小得多。较小的孔（亚 2 微米）促进了分子更好的分离和分辨率。较短的色谱柱还可以进行快速检测。然而，超高效液相色谱不能用于干燥或未过滤的样品，因为较小的孔会堵塞，这是一个昂贵且耗时的修复过程。
填料材料的新进展已经开始在高效液相色谱仪和超高效液相色谱仪之间创建中间解决方案。核壳颗粒是目前市场上的一种此类填充材料。使用核壳颗粒的效率与使用亚 2 微米颗粒的效率相同，但可以在低得多的压力下运行。甚至有人猜测这些效率可以在标准高效液相色谱仪机器上产生。
高效液相色谱机器通常包含一个紫外线检测器来测量样品中分子发出的紫外线。但是，某些高效液相色谱仪机器可以与质谱仪 (MS) 结合使用。使用 HPLC-MS 时，可以通过 m/z 比来识别分子，而无需知道保留时间。
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